1940年4月建立，隶属津浦路东各县联防办事处，辖全县除城区外的7个区，1943年2月撤销。1944年9月，在六合滁河两岸至浦口一带建立六合县政府，隶属津浦路东行政专员公署，辖滁河两岸附近4个区，1945年6月撤销。1945年8月，冶山县政府改称六合县政府，先后隶属津浦路东行政专员公署、苏皖边区第三行政专员公署，辖六合县15个区，1946年9月奉命撤离六合县境，县政府撤销。1948年11月，恢复六合县政府，隶属江淮第一行政专员公署，辖六合县的11个区、1个直属镇。